雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析

摘要: 目的 描绘小鼠雌性生殖干细胞（FGSCs）和胚胎干细胞（ESCs）全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化（APA）位点，通过细胞间的比较，分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法 利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端poly（A）位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点，通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析。结果 在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点，发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR发生长度变化的基因1148个，其中795个（66%）3’UTR变短，353个（34%）基因3’UTR变长，与生殖发育密切相关的基因3’UTR存在显著的缩短现象。结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱，APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程，揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。