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1. chinaXiv:202005.00073 [pdf]

基于Pacbio第三代测序技术的厚朴基因组测序分析

尹彦棚; ?丁乔娇; ?罗加伟; ?林新娜; ?张敏; ?彭成; ?高继海
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

厚朴为著名的传统药用植物,归于木兰科、木兰属,于我国广泛种植,其树皮、根皮、枝皮、叶片、花、果实均能入药或食用。为获取厚朴全基因组序列信息,以厚朴叶片DNA为材料,该文采用Pacbio Sequel第三代测序技术构建厚朴全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明:原始测序数据过滤后获得140.91 Gb三代数据,Read N50约为13 784 bp,经过组装得到厚朴基因组大小为1.68 Gb,Contig N50约为222 069 bp,单拷贝基因完整性为78.05 %。组装后的序列通过与NR、KOG、KEGG等功能数据库比对,共有98.40 %的基因得到了功能注释,其中KOG功能注释结果发现厚朴的蛋白功能主要集中在一般功能预测、翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制;GO功能分类表明厚朴的基因集中在细胞组分及生物学过程;KEGG分析发现厚朴参与代谢通路的基因占主要地位。通过与葡萄、拟南芥、水稻、杨树、银杏、无油樟、茶树及牛樟基因组的比对分析,发现厚朴23 424个基因中有20 801个基因可以分类到12 129个家族,其中有515个基因家族是厚朴所特有的,而厚朴与牛樟(樟科)亲缘关系较近,两者的分化时间约在122.5百万年前(mya)。该研究首次利用第三代测序技术对厚朴全基因组解析,有利于对其进一步进行深入的开发与利用,也为研究其它药用植物全基因组奠定了基础。

submitted time 2020-05-28 From cooperative journals:《广西植物》 Hits1448Downloads1164 Comment 0

2. chinaXiv:202004.00062 [pdf]

陕西省景观生态脆弱性时空演变及其影响因素

张行; 陈海; 史琴琴; 张敏; 刘迪
Subjects: Environmental Sciences, Resource Sciences >> Basic Disciplines of Environmental Science and Technology

以陕西省为研究区,基于景观格局和景观功能2个方面构建景观生态脆弱性模型,分析省域及内部自然单元分区2个层面景观生态脆弱性时空演变,并运用地理探测器方法探究景观生态脆弱性多尺度驱动机制。结果表明:① 2000—2015年陕西省景观格局脆弱性指数分别是0.477 3和0.409 7,降低了6.76%,在空间上高值区分布于北部及中部,低值区分布于中部两侧;景观功能脆弱性指数分别是0.492 6和0.417 4,降低了7.52%,高值区集中于北部和中部,低值区呈零星分布的空间布局。② 研究期间陕西省景观生态脆弱性指数分别为0.427 5和0.369 7,减少了5.78%,呈现出南北方向高低交错的空间布局,且内部分区之间有明显分区过渡表现。其中,黄土高原区脆弱性降低8.55%;关中盆地区脆弱性降低3.81%;秦巴山地区脆弱性降低1.20%。③ 全省及内部分区生态脆弱性的影响因素因地理尺度的差异而不同,自然环境因素对脆弱性变化起重要作用,而社会经济因素呈不断增强态势。本文提出的景观生态脆弱性评价方法可为生态脆弱性评估提供方法参考。

submitted time 2020-04-26 From cooperative journals:《干旱区研究》 Hits1991Downloads645 Comment 0

3. chinaXiv:202001.00112 [pdf]

核等值:一种观察分数等值体系

王少杰; 张敏强; 李拓宇; 梁正妍
Subjects: Psychology >> Psychological Measurement

核等值流程包括:预平滑、估计分数概率、连续化、等值、评估等值结果。该方法兼具线性等值与等百分位等值的优点,各环节扩展性与包容性较强;采用平滑与连续化处理,可降低等值随机误差;等值差异标准误等其所特有的概念为结果评估提供可靠的工具。连续化与带宽选择方法等因素均可影响其表现;基于核等值的新方法为等值发展提供了新颖的视角。未来可关注核等值体系的扩充与完善、流程的更新、等值方法的结合和比较等方向。

submitted time 2020-01-13 Hits9823Downloads1829 Comment 0

4. chinaXiv:201911.00092 [pdf]

基于流式细胞术的乌饭树核DNA含量(2C-值)测定

黄婧; ?张敏; 林峰; 周鹏; 周洁
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

核DNA含量(2C-值)是描述植物生物多样性的一个重要特征参数。本试验利用流式细胞仪检测越橘属植物乌饭树核DNA含量。建立了适合乌饭树基因组的流式细胞术测定方法:以野生乌饭树的嫩叶为材料,以已知核DNA含量的水稻品种‘日本晴’为内标,采用GPB解离液,细胞核悬液加入50 μL?mL-1碘化丙啶染色5 min即可上机检测。9个乌饭树单株的核DNA含量平均值为1.22±0.03 pg,最小值为1.18 pg,最大值为1.27 pg。检测结果与已知的越橘属二倍体植株的2C-值含量相似,且不同地理来源的单株DNA含量没有显著差异(P>0.05),推测这9个单株为二倍体植株。本研究测定的乌饭树核DNA含量(2C-值)可丰富越橘属植物的C-值库;基于流式细胞术建立的乌饭树核DNA含量测定方法可为该属其他植物的相关研究提供借鉴。

submitted time 2019-11-15 From cooperative journals:《广西植物》 Hits2680Downloads807 Comment 0

5. chinaXiv:201812.00754 [pdf]

低温环境对肉鸡生长性能、体温及行为的影响

王雪洁; 张敏红; 冯京海; 厉秀梅; 周莹; 邢爽; 马丹丹
Subjects: Biology >> Zoology

本试验旨在研究低温环境对不同阶段肉鸡生长性能、体温及行为的影响,探索肉鸡适宜生长的下限温度。试验一:选择360只21日龄健康爱拔益加(AA)肉鸡,随机分为6个组,每组6个重复,每个重复10只。各组肉鸡分别饲养于6个人工环境控制舱内,舱内平均温度分别为26.5、25.0、23.5、22.0、20.5和19.0 ℃。试验二:选择240只35日龄健康AA肉鸡,随机分为5个组,每组6个重复,每个重复8只。各组肉鸡分别饲养于5个人工环境控制舱内,舱内平均温度分别为22.5、20.5、18.5、16.5、14.5 ℃。2个试验均持续1周,分别测定肉鸡的生长性能、体表和体核温度以及行为学指标。结果表明:1)在21~28日龄阶段,低温环境对肉鸡的料重比(F/G)、不同部位的体表温度及采食、站立和抱团行为次数均有显著影响(P<0.05)。其中,平均温度26.5 ℃组肉鸡的F/G显著低于平均温度22.0、20.5、19.0 ℃组(P<0.05),平均温度26.5 ℃组肉鸡的鸡冠温度、眼睑温度、脚蹼温度和小腿温度显著高于平均温度22.0、20.5、19.0 ℃组(P<0.05),平均温度26.5 ℃组肉鸡的采食、站立和抱团行为次数显著低于平均温度22.0、20.5、19.0 ℃组(P<0.05)。2)在35~42日龄阶段,低温环境对肉鸡的F/G、不同部位的体表温度及站立、抱团行为次数有显著影响(P<0.05)。其中,平均温度22.5 ℃组肉鸡的F/G显著低于平均温度16.5和14.5 ℃组(P<0.05),平均温度22.5 ℃组肉鸡的鸡冠温度、眼睑温度、耳垂温度、脚蹼温度和小腿温度显著高于平均温度16.5和14.5 ℃组(P<0.05),平均温度22.5 ℃组肉鸡的抱团行为次数显著低于平均温度18.5、16.5、14.5 ℃组(P<0.05),平均温度22.5 ℃组肉鸡的站立行为次数显著低于平均温度14.5 ℃组。由此可见,本试验条件下,25.0~22.0 ℃是21~28日龄肉鸡适宜生长的下限温度,19.5~17.5 ℃是35~42日龄肉鸡适宜生长的下限温度。

submitted time 2018-12-25 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits1527Downloads880 Comment 0

6. chinaXiv:201812.00286 [pdf]

富硒和锗酵母培养物对延边黄牛生长性能、肌肉脂肪酸和氨基酸含量的影响

韩东魁; 耿春银; 张敏
Subjects: Biology >> Zoology

本试验旨在探究富硒和锗酵母培养物对延边黄牛生长性能、肌肉脂肪酸和氨基酸含量的影响。选取生长发育良好的30月龄的延边黄牛公牛20头,体重为(351±20) kg,随机分为4组,对照组饲喂基础饲粮,试验Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组饲喂在基础饲粮中分别添加0.1%、0.2%和0.3%富硒和锗酵母培养物的试验饲粮,每组5头。试验期90 d。结果表明,与对照组相比:1)试验组的平均日增重均有提高,但变化不显著(P>0.05);试验Ⅰ、Ⅱ组的饲料转化率分别提高了18.93%(P<0.05)和22.85%(P<0.05)。2)试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组肌肉中亚油酸含量分别提高了9.21%(P<0.05)、11.26%(P<0.05)和17.06%(P<0.01);各组间肌肉中其他脂肪酸含量无显著差异(P>0.05)。3)试验Ⅲ组肌肉中赖氨酸含量提高了3.81%(P<0.05);试验Ⅱ、Ⅲ组肌肉中丙氨酸含量分别提高了7.81%(P<0.05)和7.56%(P<0.05);试验Ⅱ组肌肉中谷氨酸含量提高了4.98%(P<0.05);各组间肌肉中其他氨基酸含量无显著差异(P>0.05)。综合可知,饲粮中添加富硒和锗酵母培养物可以提高延边黄牛饲料转化率,提高肌肉中亚油酸含量,降低饱和脂肪酸/不饱和脂肪酸,提高肌肉中风味氨基酸(赖氨酸、丙氨酸和谷氨酸)的含量,改善牛肉的风味,建议在延边黄牛饲粮中添加0.2%富硒和锗酵母培养物。

submitted time 2018-12-24 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits801Downloads471 Comment 0

7. chinaXiv:201812.00584 [pdf]

饲养密度对肉鸡盲肠菌群多样性、挥发性脂肪酸和血清脑肠肽的影响

常双双; 柳青秀; 张敏红; 石玉祥; 冯京海
Subjects: Biology >> Zoology

本试验旨在研究饲养密度对肉鸡盲肠菌群多样性、挥发性脂肪酸和血清脑肠肽的影响。试验采用单因素设计,选取22日龄健康、体重相近的爱拔益加肉鸡144只,随机分成3个组,每组6个重复,每个重复单笼饲养。将3个组的肉鸡转入环境温度为21 ℃、相对湿度为60%的环境控制舱适应7 d。29日龄时开始正式试验,单个鸡笼饲养面积为0.64 m2,饲养密度分别设置为每笼6只(公母各占1/2,Ⅰ组)、每笼8只(公母各占1/2,Ⅱ组)和每笼10只(公母占1/2,Ⅲ组),环境温度为21 ℃,相对湿度为60%,试验条件维持至试验结束,共计14 d。结果表明:1)Ⅲ组肉鸡盲肠菌群丰富度和多样性最高,且该组的饲养密度有利于肉鸡盲肠Clostridium termitidis和Bacteroides vulgatus的定植。2)饲养密度对肉鸡盲肠挥发性脂肪酸含量的影响无显著差异(P>0.05)。3)试验第14天,Ⅲ组肉鸡血清血管活性肽(VIP)含量显著低于Ⅰ组和Ⅱ组(P<0.05),而3个组间血清5–羟色胺和P物质含量无显著差异(P>0.05)。综上,饲养密度可改变肉鸡盲肠菌群多样性与结构以及血清血管活性肽含量,但不影响盲肠挥发性脂肪酸的含量。

submitted time 2018-12-24 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits1400Downloads809 Comment 0

8. chinaXiv:201812.00175 [pdf]

持续偏热环境下饲养密度对肉鸡盲肠菌群多样性、挥发性脂肪酸和血清脑肠肽的影响

常双双; 马贵达; 张敏红; 石玉祥; 冯京海
Subjects: Biology >> Zoology

本试验旨在研究持续偏热环境下饲养密度对肉鸡盲肠菌群多样性、挥发性脂肪酸和血清脑肠肽的影响。试验采用单因素设计,选取22日龄健康、体重相近的爱拔益加肉鸡144只,随机分成3个组,每组6个重复,每个重复单笼饲养。将3个组的肉鸡转入环境温度为21 ℃、相对湿度为60%的环境控制舱适应7 d。29日龄时开始正式试验,单个鸡笼饲养面积为0.64 m2,饲养密度分别设置为每笼6只(公母各占1/2,Ⅰ组)、每笼8只(公母各占1/2,Ⅱ组)和每笼10只(公母占1/2,Ⅲ组),环境温度为31 ℃,相对湿度为60%,试验条件维持至试验结束,共计14 d。结果表明:1)偏热环境下Ⅱ组肉鸡盲肠菌群丰富度和多样性最高,且Ⅰ组和Ⅱ间组比Ⅰ组和Ⅲ组间盲肠菌群相似性低;2)偏热环境下Ⅱ组饲养密度有利于盲肠普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)的定植;3)偏热环境下饲养密度对肉鸡盲肠挥发性脂肪酸含量的影响无显著差异(P>0.05);4)试验第7天,偏热环境下Ⅱ组肉鸡血清5–羟色胺(5-HT)含量显著高于Ⅰ组(P<0.05),而偏热环境下饲养密度对肉鸡血清血管活性肽(VIP)和P物质(SP)含量的影响无显著差异(P>0.05)。综上,偏热环境下饲养密度可改变肉鸡盲肠菌群多样性与结构以及血清脑肠肽5-HT的含量,但不影响盲肠挥发性脂肪酸的含量。

submitted time 2018-12-20 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits1429Downloads810 Comment 0

9. chinaXiv:201812.00195 [pdf]

持续偏热环境对肉鸡血清和下丘脑脑肠肽含量、盲肠挥发性脂肪酸含量和菌群多样性的影

常双双; 厉秀梅; 张敏红; 石玉祥; 冯京海
Subjects: Biology >> Zoology

本试验旨在研究持续偏热环境对肉鸡血清和下丘脑脑肠肽含量、盲肠挥发性脂肪酸含量和菌群多样性的影响。试验采用单因素设计,选取22日龄健康、体重相近的爱拔益加(AA)肉鸡120只,随机分成2个组,每组6个重复,每个重复10只(公母各占1/2)。将6组肉鸡转入环境温度为21 ℃、相对湿度为60%的环境控制舱适应7 d。29日龄时开始正式试验,试验组环境温度为31 ℃,对照组环境温度为21 ℃,相对湿度均为60%,试验条件维持至试验结束,共计14 d。结果表明:1)试验第7天,31 ℃组肉鸡血清5-羟色胺(5-HT)和血管活性肽(VIP)含量显著低于21 ℃组(P<0.05),而血清P物质(SP)含量与21 ℃组无显著差异(P>0.05);试验第14天,2组血清5-HT、VIP和SP含量均无显著差异(P>0.05)。2)试验第7天,2组肉鸡下丘脑5-HT、VIP和SP含量均无显著差异(P>0.05);试验第14天,31 ℃组肉鸡下丘脑5-HT含量显著低于21 ℃组(P<0.05),而下丘脑VIP和SP含量与21 ℃组无显著差异(P>0.05)。3)试验第14天,31 ℃组肉鸡盲肠异丁酸含量显著高于21 ℃组(P<0.05);试验第7和14天,持续偏热环境对肉鸡盲肠乙酸、丙酸、丁酸、戊酸、异戊酸的含量均无显著影响(P>0.05)。4)试验第7天和14天,31 ℃组肉鸡盲肠细菌条带数以及多样性指数均低于21 ℃组。5)持续偏热环境不利于肉鸡盲肠中Clostridium termitidis和Bacteroides vulgatus的定植。由此可见,持续偏热环境使得肉鸡血清5-HT和VIP含量在试验第7天显著下降,盲肠异丁酸含量在试验第14天显著升高,同时还降低了肉鸡盲肠菌群的多样性,改变了菌群结构,抑制了Clostridium termitidis和普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)的生长。

submitted time 2018-12-20 From cooperative journals:《动物营养学报》 Hits1531Downloads980 Comment 0

10. chinaXiv:201806.00174 [pdf]

色素上皮衍生因子通过调控上皮间质转化抑制乳腺癌细胞侵袭和转移

周丹; 许鹏程; 张敏; 于洋; 吴爱国
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Preclinical Medicine

目的:探讨色素上皮衍生因子(PEDF)是否通过作用上皮间质转化(EMT)抑制乳腺癌浸润转移。方法免疫组化方法检测119例浸润性导管癌组织中PEDF、vimentin、E-cadherin表达情况;构建PEDF-siRNA-vector干扰载体,应用RNA干扰技术阻断乳腺癌SK-BR-3细胞中PEDF表达,并构建重组腺病毒载体构建(Lentivirus-PEDF-vector),转染SK-BR-3细胞。采用细胞划痕实验、细胞侵袭实验、Western bolt方法检测SK-BR-3细胞中PEDF表达变化,并釆用Western bolt方法检测乳腺癌细胞上皮性标志物E-cadherin和间质性标志物vimentin的表达改变,并观察乳腺癌细胞的体外增殖、侵袭、粘附特性的改变。统计分析采用卡方检验、Fisher精确概率法检验Spearman等级相关检验、配对计数资料检验。结果乳腺浸润性导管癌中PEDF阳性表达率明显低于正常乳腺组织,PEDF阳性表达与肿瘤大小相关,与E-cadherin表达正相关(r=0.473,P<0.001), 与vimentin表达呈负相关(r=-0.412,P<0.001)。乳腺癌SK-BR-3细胞在PEDF条件培养基培养后:细胞形态学发生改变;Transwell侵袭实验表明:细胞侵袭转移力减弱;PEDF-siRNA增加SK-BR-3细胞的迁移与侵袭,而Lentivirus-PEDF-vector抑制SK-BR-3细胞的侵袭与迁移能力。Western blot结果显示:细胞中E-cadherin表达明显减少(P<0.05),vimentin表达明显增多(P<0.05)。结论PEDF基因与乳腺癌的浸润转移过程密切相关,PEDF可作用SK-BR-3细胞发生EMT进而抑制乳腺癌的浸润转移。

submitted time 2018-06-15 From cooperative journals:《南方医科大学学报》 Hits935Downloads542 Comment 0

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