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1. chinaXiv:201801.00623 [pdf]

基于16s rRNA高通量测序分析糖尿病足骨髓炎感染骨组织中的病原微生物

胡 萍; 邹梦晨; 曹 瑛; 潘彦伶; 罗祥蓉; 蒋 娅; 薛耀明; 高 方
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Preclinical Medicine

目的 利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴 定及治疗提供快速、准确的方法。方法 收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标 本,分别利用16s rRNA高通量测序技术和血培养分析仪进行病原微生物的鉴定,分析16s rRNA测序结果中DFO的菌群特点, 并与培养结果相比较。结果 16s rRNA测序显示DFO骨组织病原微生物多样性较大,分布较为均匀,共获得优势菌属20种, 占 所有菌属的87.00%,其中Prevotella是丰度最大的菌属。两种鉴定方法结果均显示DFO病原菌以革兰氏阴性菌为主。与培养 法相比, 16s rRNA测序阳性率较高(100% vs 88.24%),平均每个样本病原菌数较多(12.56 vs 1.50),革兰氏阴性菌所占的比例较 高(67.16% vs 50.00%)。此外, 16s rRNA测序结果覆盖了除 Escherichia coli、Serratia marcescens及Enterobacter cloaca外的所 有培养病原菌结果,甚至有高达13种菌属不存在于培养结果,其中Anaerococcus、Veillonella、Bacteroides、Fusobacterium、 Porphyromonas、Finegoldia、Prevotella、Peptostreptococcus、Parvimonas、Peptoniphilus和Bulleidia均为专性厌氧菌或严格厌氧 菌,而培养结果中并无厌氧菌的出现。但培养结果显示,DFO中多重耐药菌的比例高达58.33%。结论 16s rRNA高通量测序 能较好展示DFO骨组织中菌群微生态的多样性及丰度特点。DFO骨组织病原微生物多样性大,分布均匀,但优势菌属分布离 散,以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比, 16s rRNA测序对病原菌的鉴定简单而准确,尤其在对革兰氏阴性菌和厌氧菌鉴定方 面有显著的优势,可快速而准确地指导DFO感染治疗。

submitted time 2018-01-25 From cooperative journals:《南方医科大学学报》 Hits1038Downloads595 Comment 0

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