分类： 生物学 >> 生物化学 分类： 生物学 >> 分子生物学 提交时间： 2024-01-25
摘要： 目的：通过分析小鼠自主食用不同甜味物质后尿液蛋白质组的变化，探索其对机体的可能影响。方法：收集C57BL/6l小鼠主动食用甜味物质前后的尿液样品。甜味物质包括目前世界范围内应用较为广泛且能引起小鼠喜好反应的蔗糖、甜菊糖苷、安赛蜜、三氯蔗糖，其中非营养性甜味剂的浓度选择了已有研究显示的小鼠喜好反应最强烈的浓度。通过高效液相色谱串联质谱联用（LC-MS/MS）的非标记定量蛋白质组学技术进行分析，成组筛选尿液蛋白质组的差异蛋白，进行蛋白质功能和生物学过程分析；进行单只小鼠食用甜味物质前后尿液蛋白质组比较；并将不同甜味物质进行横向对比。结果及结论：尿液蛋白质组可以反映小鼠自主食用甜味物质后的机体变化，且小鼠自主食用的不同甜味物质对尿液蛋白质组的影响并不相同。4种甜味物质中，三氯蔗糖与蔗糖引起机体的变化最为相似，甜菊糖苷与蔗糖引起机体的变化相差最远；蔗糖、安赛蜜和三氯蔗糖引起的机体变化相似，而甜菊糖苷引起机体的变化与其他甜味物质不同。小鼠自主食用4种甜味物质后尿液蛋白质组差异蛋白中均有已经被报道的与脑奖励回路相关的蛋白，而只有自主食用蔗糖、安赛蜜和三氯蔗糖后尿液蛋白质组差异蛋白大量与代谢过程相关，自主食用甜菊糖苷后尿液蛋白质组差异蛋白主要与核小体组装、基因表达等过程相关。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2024-01-20
摘要： 大鼠在闻气味时，其尿液蛋白质组是否有相应的变化呢？闻不同气味产生的变化会不同吗？本研究通过对6只大鼠闻香油、风油精3天后，第3天、第4天的尿液样本进行采集，并使用LC-MS/MS技术对样本进行成组及单只前后对比分析。同时将已鉴定到的差异蛋白与同年龄段大鼠生长发育产生的差异蛋白进行比较，以排除生长发育对本实验结果造成的影响。实验结果表明，将香油组Day0和Day4的尿蛋白质组相比较，经过筛选可以鉴定到143个差异蛋白，随机产生的差异蛋白平均为7.32个，至少有94.88%的差异蛋白不是随机产生的。经成组及单只前后比较分析，同一气味呈现出较为一致的变化，在香油组鉴定到了与嗅觉产生相关的低密度脂蛋白受体相关蛋白2、COPD的生物标志物胎球蛋白B等差异蛋白，同时在风油精组鉴定到子宫球蛋白、三叶草因子3、粘蛋白2等变化显著且与嗅觉产生相关的差异蛋白。值得一提的是，我们在风油精组再次鉴定到了气味结合蛋白2A，同时存在于4只大鼠单只前后比较产生的差异蛋白中，这与电子烟模型呈现的结果一致。本研究证明，气味会对大鼠的尿液蛋白质组产生影响，不同气味对其的影响不同。这为探究嗅觉的生物学过程提供了新方法。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2024-01-19
摘要： 锌是维持生物体正常生理功能所必需的元素。本研究对大鼠灌胃82mg/kgd葡萄糖酸锌（相当于锌剂量11.7mg/kgd）4天，对比分析了大鼠短期灌胃葡萄糖酸锌前后的尿液蛋白质组。许多差异蛋白被报道与锌有关，比如粘蛋白-2(MUC-2)(灌胃前是灌胃后的14倍，p=0.005)、转甲状腺素蛋白（Transthyretin）（灌胃后是灌胃前的3.9倍,p=0.0004）等。差异蛋白富集到的生物学过程（例如细胞凋亡过程的调控、免疫系统过程等）、分子功能（例如钙离子结合、铜离子结合、信号受体活性等）、KEGG通路（例如补体和凝血级联反应、PI3K-Akt信号通路等）显示出与锌的相关性。本研究从尿液蛋白质组学的角度探究锌对机体的整体影响，有助于深入理解锌的生物学功能，拓宽尿液蛋白质组学的应用潜力。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2024-01-18
摘要： 钙是维持生物体正常生理功能所必需的元素。本研究对大鼠灌胃葡萄糖酸钙3225mg/kgd（相当于钙剂量300mg/kgd）4天，对比分析了大鼠短期灌胃葡萄糖酸钙前后的尿液蛋白质组。许多差异蛋白被报道与钙有关，比如Regucalcin（灌胃后是灌胃前的2.6倍，p=0.022）、跨膜蛋白132A（Transmembrane protein 132A）（灌胃后是灌胃前的8.2倍，p=0.009）、肌酸激酶（creatine kinase）（灌胃前是灌胃后的17.5倍，p=0.006）、Claudin-3（灌胃前是灌胃后的13.3倍，p=0.037）等。差异蛋白富集到的KEGG通路包括钙信号通路，生物学过程和分子功能也显示出与钙的相关性。本研究从尿液蛋白质组学的角度探究钙元素对机体的整体影响，有助于深入理解钙元素的生物学功能，拓宽尿液蛋白质组学的应用潜力。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2024-01-04
摘要： 铁是维持生物体正常生理功能所必需的微量元素，还没有研究从尿液蛋白质组的角度探究铁元素对机体的整体影响。本研究对大鼠灌胃多糖铁复合物（28mg/kgd 铁元素，相当于成年人预防贫血的剂量）4天，采用自身前后比较和成组比较两种分析方法，对比分析了大鼠短期灌胃多糖铁复合物前后的尿液蛋白质组。许多差异蛋白被报道与铁有关，包括2'，3'-环核苷酸3'-磷酸二酯酶(CNPase)（灌胃前是灌胃后的7.7倍，p=0.0039）、p38（灌胃后是灌胃前的14.5倍，p=0.003）等；单只大鼠前后比较中，铁调素（Hepcidin）在4只大鼠中同时上调。差异蛋白富集到的生物学过程包括对碳水化合物代谢过程、铁离子的反应、细胞凋亡过程的调控、造血祖细胞分化等；分子功能（如补体结合、血红蛋白结合等）、KEGG通路（如补体和凝血级联、胆固醇代谢、疟疾等）也显示出与铁的相关性。本研究从尿液蛋白质组学的角度有助于深入理解铁元素的生物学功能，并为铁代谢紊乱相关疾病的预防、诊断、治疗及监测提供了新的研究视角。
分类： 生物学 >> 生物化学 分类： 生物学 >> 分子生物学 提交时间： 2024-01-02
摘要： 目的：对肥胖人群与正常人群尿液蛋白质组的比较。方法：收集肥胖人群和正常人群的尿液样品，通过高效液相色谱串联质谱联用（LC-MS/MS）的非标记定量蛋白质组学技术进行鉴定。筛选肥胖人群与正常人群尿液蛋白质组的差异蛋白进行蛋白质功能和生物学通路分析；将肥胖个人与正常人群尿液蛋白质组进行比较，统计共有差异蛋白进行蛋白质功能和生物学通路分析；在肥胖个人尿液蛋白质组中检索已被报道的肥胖生物标志物。结果：肥胖人群相对于正常人群尿液蛋白质组可鉴定到38个差异蛋白，其中有些蛋白已经被报道与代谢、肥胖相关，差异蛋白富集到的生物学过程也与代谢等过程相关；肥胖个人与正常人群尿液蛋白质组比较富集到８个共有差异蛋白，其中有蛋白已经被报道与代谢、肥胖相关，差异蛋白富集到的生物学过程也与代谢等过程相关；在肥胖个人相对于正常人群尿液蛋白质组的差异蛋白中，能匹配到已被报道的肥胖生物标志物。结论：尿液蛋白质组能进行正常人与肥胖者的区分，尿液蛋白质组差异蛋白中具有已知和肥胖、代谢相关的关键蛋白，且差异蛋白能富集到营养、代谢等相关生物学过程。尿液蛋白质组具有探究肥胖发生机制、提供个性化治疗的潜力。
分类： 生物学 >> 生物化学 分类： 生物学 >> 分子生物学 提交时间： 2023-11-16
摘要： 目的：比较雄性大鼠交配行为后前两天尿液蛋白质组变化。方法：收集Sprague-Dawley大鼠交配当天的尿液样品和交配隔天的尿液样品，通过高效液相色谱串联质谱联用（LC-MS/MS）的非标记定量蛋白质组学技术进行分析，筛选尿液蛋白质组的差异蛋白（FC＞1.5 或＜0.67，P<0.050）进行蛋白质功能和生物学通路分析。结果：大鼠交配隔天与交配当天尿液蛋白质组比较可以鉴定到43个差异蛋白。通过Uniprot数据库和Pubmed数据库检索差异蛋白和相关文献报道，近三分之二的差异蛋白与精子发生相关。结论：大鼠交配隔天相较于大鼠交配当天，尿液蛋白质组就发生了变化，部分变化蛋白的已知功能与精子发生相关。
分类： 生物学 >> 植物学 分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2023-10-23
摘要： 蛋白-蛋白相互作用对于植物细胞生理活动至关重要。为检测和确定两种蛋白之间的相互作用，许多不同的体内和体外方法已被发表。而酵母基于杂交的分裂泛素化（mbSUS）系统是经典的酵母双杂交技术替代方法，它不仅具有酵母双杂交快速便捷的优点，还弥补了传统酵母双杂交法在待测蛋白要求，假阳性率等方面的不足。目前，经过改进的mbSUS法可用于膜蛋白以及可溶性蛋白互作研究，并在植物中用于检测离子通道与膜转运蛋白的互作。本文对mbSUS法技术原理、实验方法以及实验注意事项进行详细描述，为植物蛋白互作研究奠定基础。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2023-10-11
摘要： 目的：初步探索妊娠着床失败是否能通过尿液蛋白质组变化进行反映。方法：收集复发性自然流产（Recurrent spontaneous abortion ,RSA）模型小鼠着床期（E3.5和E4.5）流产时的尿液样品和正常妊娠小鼠着床期（E3.5和E4.5）尿液样品，通过高效液相色谱串联质谱联用（LC-MS/MS）的非标记定量蛋白质组学技术进行分析，筛选尿液蛋白质组的差异蛋白（FC＞1.5 或＜0.67，P结果：RSA模型小鼠共4只，均未产仔；正常妊娠小鼠共3只，正常妊娠，于E21时分别产仔7、8、9只。E3.5时可以鉴定到23个差异蛋白，E4.5时可以鉴定到21个差异蛋白。通过Uniprot数据库和Pubmed数据库检索差异蛋白和相关文献报道，近一半的差异蛋白与着床相关。差异蛋白通过David数据库富集到大量与着床过程相关的生物学通路。结论：相当于在妊娠女性的血人绒毛促性腺激素水平还未出现变化，现有手段无法进行观测和准确判断是否怀孕时，RSA模型小鼠相较于正常妊娠小鼠，在着床期时尿液蛋白质组就发生了变化，部分变化蛋白的已知功能与着床相关。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2023-02-24
摘要： 本研究旨在探究按摩对健康人尿液蛋白质组造成的影响。在该项研究中，受试者接受时长为1h的全身按摩，在按摩前和按摩后2、24 h收集尿液样本并使用液相色谱-串联质谱技术 (LC-MS/MS) 对尿蛋白进行分析。与按摩前相比，按摩后2h组共鉴定到41个差异蛋白，随机平均可产生的差异蛋白数为11个，可信度为73%，差异蛋白富集到的生物学过程有儿茶酚胺生物合成过程，该过程与促进代谢和神经活动调节有关；按摩后24 h组鉴定到的差异蛋白降低到29个差异蛋白，随机平均可产生的差异蛋白数为10个，差异的可信度降低到65%，此时不能富集到有效的生物学过程。结果表明：按摩后2h尿蛋白的差异更大，而按摩后24h该差异逐渐变小。尿液蛋白质组有可能反映微小按摩刺激后机体的变化，这提供了一种有潜力评价按摩疗法作用的方法。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2023-01-13
摘要： 本研究通过构建大鼠电子烟模型，在大鼠吸食电子烟的前、中、后期，即第0、3、12、15、17天分别收取尿液样本，从尿液蛋白质组学的角度对电子烟进行探究。为了排除个体差异的影响，实验采用单只大鼠前后对照进行分析，同时设置对照组以排除大鼠生长发育造成的差异。结果表明，在相同的条件下吸食电子烟后，大鼠产生的差异蛋白具有较强的个体差异性。我们在大鼠吸食电子烟的第3天产生的差异蛋白中，发现6只实验组大鼠前后对照中，有5只共同鉴定到了COPD的生物标志物胎球蛋白B，以及被认定为多种肿瘤标志物的膜联蛋白A2。本研究还发现了在嗅上皮有表达的气味结合蛋白在尿液蛋白质组中出现，并且显著上调，这或许有助于解释嗅觉的适应。我们还在产生的差异蛋白和富集到的信号通路中都发现了吸食电子烟影响大鼠免疫系统、心血管系统、呼吸系统等的证据，为进一步探究电子烟对人体的作用机制提供线索。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2022-09-20
摘要： 惊吓带来的恐惧情绪是大脑产生的，我们试图用尿液蛋白质组学探索这种恐惧情绪能否在尿液中检测出来。我们采用天敌气味和声音刺激两种方式相结合共同建立了大鼠惊吓模型，在惊吓前后采集尿液样本并进行蛋白质组学分析。结果发现，惊吓后和惊吓前作比较，筛选出22个差异蛋白，这些差异蛋白富集到的生物学通路和神经递质运输、葡萄糖跨膜运输相关，这可能是惊吓引起的神经紧张状态表现。对每只大鼠进行了自身的前后对照分析发现，其中有1个蛋白被5只大鼠共同鉴定到，另外有19个蛋白被4只大鼠共同鉴定到，这些蛋白与神经、运动、代谢和血压的变化密切相关。其中包括谷氨酸半胱氨酸连接酶催化亚基及其调节亚基，谷氨酸半胱氨酸连接酶的功能可能和惊吓有关。这为研究惊吓的机制奠定了基础，为寻找治疗恐怖心理的药靶提供了新方法，同时充分说明了尿液的灵敏性，为尿液的探索开辟了新的领域。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2022-05-16
摘要： 本文是哈尔滨工业大学（威海）生物化学设计性实验论文，实验采用 2 , 6-二氯靛酚法测定了 维生素饮料和泡腾片中维生素 C 含量，讨论了预制维生素饮料与泡腾片泡腾溶液作为维生素C 补剂的可行性，旨在为相关生物化学课程设计性实验提供参考。 结果表明每毫升脉动饮料含有0.566mg 还原型维生素C，每克泡腾片含84.86mg 还原型维生素C。从补充维生素 C 的角度看 , 每日饮用一个1L 装脉动饮料或冲泡饮用一个泡腾片尚未超过维生素C 食用最高限制，是膳食之外补充维生素C 的优良选择。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2022-04-24
摘要： [目的] 拟探究中药对健康大鼠尿液蛋白质组造成的影响。 [方法] 本研究分别建立两种中药（复方丹参滴丸和藿香正气口服液）的大鼠灌胃模型，收集灌胃前后的尿液，并使用液相色谱串联质谱技术（LC-MS/MS）对提取的尿蛋白进行分析，并差异蛋白进行生物学通路的分析。 [结果] 尿液蛋白质组可以反映复方丹参滴丸灌胃14天前后的变化，并且差异蛋白富集到的生物学通路与其治疗心血管疾病的作用机制有关，如糖酵解、脂类代谢等。 [结论] 尿液蛋白质组学可以直接系统的反映中药对机体的整体影响，提供了一种研究中药功效的新方法。
分类： 生物学 >> 生物化学 分类： 信息科学与系统科学 >> 系统学 提交时间： 2022-04-05
摘要： For the cofactor-free 1-H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine-2,4-dioxygenase (HOD), the dioxygen (O2) dependent steps are rate-limiting along with a spin state crossover to the singlet spin state. Here, the primary triplet O2molecule activationonthe 2-methyl-3-hydroxy-4(1H)-quinolone (MHQ) is investigated, and the catalytic role of the intersystem crossing effects is highlighted by directly comparing results from the Born-Oppenheimer dynamics and non-adiabatic surface hopping dynamics. This work confirmsnon-adiabatic dynamical effects are essential to modulate the O2activationonthe substrate MHQ. The time scale of the equilibration and conversion from triplet to singlet state should be in the range of a few hundreds of femtoseconds. We hope this work provides us a fresh look at the underlying physics of dioxygen activation reactions involving more than one spin state.
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2022-04-04
摘要： [目的]通过对大鼠注射牛血清白蛋白和氢氧化铝佐剂，观察尿液蛋白质组中免疫系统的变化。 [方法]本研究对大鼠大腿肌肉注射牛血清白蛋白和氢氧化铝佐剂，收集尿液，通过液相色谱联用质谱（LC-MS/MS）鉴定差异蛋白，使用IPA软件对差异蛋白进行生物学通路的分析，观察大鼠尿蛋白中免疫系统的变化情况。 [结果]15只大鼠分别肌肉注射生理盐水、氢氧化铝佐剂、牛血清白蛋白、氢氧化铝佐剂和牛血清白蛋白（BSA）混合物，构建对照组、佐剂组、BSA组、混合组模型。不同组别之间两两比较差异蛋白得到相关生物学通路，发现尿液中可以观察到佐剂帮助牛血清白蛋白更早的激发免疫系统发生反应。并且在尿液中还观察到混合组先后激发炎症反应、T细胞活化、抗原提呈细胞相关、B细胞相关等免疫相关通路。 [讨论]我们可以在早期从尿液蛋白质组中观察到免疫系统的变化，这为以后免疫系统的研究，甚至加快疫苗的研发提供一些新的线索和依据。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2022-04-01
摘要： 目的：怀孕是身体生理状态产生极大变化的过程，正常的妊娠过程对保证胎儿发育正常和健康的母体非常重要，我们试图探索尿蛋白组变化能否反映妊娠过程。 方法：我们分别收集孕鼠妊娠0天、2天、12天、14天、16天、18天和20天的尿样，通过LC-MS高通量质谱分析不同时间的尿蛋白组，分别与妊娠第0天比较得到的差异蛋白进行生物学通路分析。 结果：妊娠第2天尿蛋白组的变化与胚胎着床、胎盘的分化相关的通路，妊娠后期（E16和E18），尿富集到与器官发育相关的通路，主要是肺发育相关的通路。有趣的是，据之前的报道，尿里发现着床相关的通路的时间点刚好在大鼠着床期内；大鼠肺发育主要是在妊娠后期(E11-E21)，我们发现尿里肺发育相关的通路也与这一时期相符。此外，从妊娠后期到分娩，发现凝血系统相关的过程不断显著，与之前报道过的妊娠过程中凝血功能不断增强的趋势一致。 结论: （1）尿蛋白组可以反映正常妊娠过程；（2）尿可能成为监测妊娠过程的有效策略。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2022-03-14
摘要： 目的 本研究关注了临床外科医生最关心的问题实体肿瘤切除效果。尿液蛋白质组能 够灵敏的反映机体的生理变化。探索小鼠 MC38 皮下瘤切除与否尿液蛋白质组的变化。 方法 建立 MC38 皮下荷瘤小鼠模型，将小鼠分为健康对照组，完全切除实验组和完全不 切除实验组。对三组小鼠进行手术，收集手术后第 7 天、第 30 天的尿液，利用液相色谱联 用质谱（LC-MS/MS），对尿液蛋白质组进行鉴定，分析差异蛋白和相关生物学通路。 结果 (1)皮下瘤完全切除组和完全不切除组切除手术后 7 天，尿液蛋白质组可以筛选出能 够区分两组的 20 个差异蛋白，生物学过程包括昼夜节律、Notch 信号通路、白细胞间粘附、 异嗜性细胞通过质膜粘附细胞分子等。（2）皮下瘤完全切除组和完全不切除组切除手术后 30 天，尿液蛋白质组可以筛选出能够区分两组的 33 个差异蛋白，生物学过程包括细胞粘附、 补体激活和替代途径、免疫系统的过程、血管生成等。（3）皮下瘤完全切除组和健康对照组 切除手术后 30 天两组差异不明显。 结论 尿液蛋白质组的变化可以反应肿瘤切除与否。
分类： 生物学 >> 生物化学 提交时间： 2022-03-11
摘要： 摘要 目的：艾司西酞普兰治疗抑郁症大约需要12周起效，我们试图利用尿蛋白组的方法探索在服药前预测药物疗效。 方法： 我们选择10例疗效好、10例疗效差以及9例健康人的尿样。为了突出每个病人对药物个性化反应，采用一对多的比较方式，选择服药前一个抑郁症患者尿蛋白组与一组健康人（n=9）比较，找到生物学通路。 结果：疗效好特有的生物学通路中病人有6位（60%）都富集到甘氨酸合成的通路。此外，两组患者的生物学通路还包括报道过的已抑郁相关的HIF1 、STAT3、5-羟色胺受体、神经酰胺通路，提示这些通路也有可能是潜在的抗抑郁靶点。 结论：之前梅奥诊所报道通过SNP发现甘氨酸脱氢酶与艾司西酞普兰治疗抑郁症患者的疗效相关。该遗传学研究和尿蛋白质组学研究结果完全吻合。尿蛋白组有潜力在用药前预测部分病人艾司西酞普兰的药效。
分类： 生物学 >> 生物化学 分类： 医学、药学 >> 药学 提交时间： 2022-03-09
摘要： [目的] 通过尿液蛋白质组学分析对阿托伐他汀片进行药物一致性评价。 [方法] 分别建立两种药厂的阿托伐他汀片大鼠灌胃模型，收集灌胃前后的尿液，并使用液相色谱串联质谱技术（LC-MS/MS）对提取的尿蛋白进行分析，并通过DAVID数据库对差异蛋白进行生物学通路的分析。 [结果] 灌胃后和灌胃前作比较，在药物A组灌胃模型中共鉴定到116个差异蛋白，在药物B组灌胃模型中共鉴定到66个差异蛋白，其中有24个蛋白被共同鉴定到。这些差异蛋白倾向于参与细胞黏附、内肽酶活性的负调控、蛋白水解等生物学通路。 [结论] 针对产自不同药厂的阿托伐他汀片，我们可以通过尿蛋白检测到它们之间的差别，这验证了尿蛋白的灵敏性，同时提示着尿液蛋白质组学在药物一致性评价上有很大潜力。
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