分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2018-12-24 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本研究旨在利用高通量测序技术研究饲粮中性洗涤纤维（NDF）水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响。选用6只山羊进行3×3拉丁方试验，依据饲粮NDF水平分为低(35.01%，LN组)、中(40.10%，MN组)和高NDF水平组(45.16%，HN组),每组2只。分3期进行饲养试验，每期试验20 d，其中预试期14 d，正试期6 d。正试期结束后采集山羊瘤胃内容物，提取细菌总DNA后，用细菌通用引物对16S rRNA的V4区进行PCR扩增，扩增产物用Illumina HiSeq 250PE测序平台进行高通量测序，测序结果用QIIME 1.8.0等生物信息学软件进行分析。结果表明：1)HN组的瘤胃液氨态氮（NH3-N）浓度极显著低于LN组和MN组(P0.05)。2）各组间Chao1指数和Shannon指数的差异均不显著(P>0.05)；LN组observed species指数显著高于其他2组(P0.05)。3）在门水平上，3组间所有细菌的相对丰度差异均不显著(P>0.05)；在属水平上，HN组普雷沃氏菌科UCG-001（Prevotellaceae UCG-001）、普雷沃氏菌科UCG-003（Prevotellaceae UCG-003）和瘤胃球菌科UCG-014（Ruminococcaceae UCG-014）的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05)；HN组瘤胃球菌科NK4A214（Ruminococcaceae NK4A214 group）、瘤胃球菌科UCG-005（Ruminococcaceae UCG-005）的相对丰度显著高于LN组(P<0.05)；HN组SP3-e08和Lachnoclostridium 10的相对丰度显著低于其他2组(P<0.05)；LN组解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)相对丰度显著高于其他2组(P<0.05)；MN组赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和叶杆菌属(Phyllobacterium)的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05)，食物谷菌属(Victivallis)的相对丰度极显著高于其他2组(P<0.01)。综合得出，饲粮NDF水平在35.01%~45.16%变化时，显著影响山羊瘤胃液NH3-N浓度和乙酸/丙酸，显著影响瘤胃Prevotellaceae UCG-001、Prevotellaceae UCG-003等多种菌属的相对丰度。
分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2018-12-24 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本研究旨在利用高通量测序技术研究饲粮中性洗涤纤维（NDF）水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响。选用6只山羊进行3×3拉丁方试验，依据饲粮NDF水平分为低(35.01%，LN组)、中(40.10%，MN组)和高NDF水平组(45.16%，HN组),每组2只。分3期进行饲养试验，每期试验20 d，其中预试期14 d，正试期6 d。正试期结束后采集山羊瘤胃内容物，提取细菌总DNA后，用细菌通用引物对16S rRNA的V4区进行PCR扩增，扩增产物用Illumina HiSeq 250PE测序平台进行高通量测序，测序结果用QIIME 1.8.0等生物信息学软件进行分析。结果表明：1)HN组的瘤胃液氨态氮（NH3-N）浓度极显著低于LN组和MN组(P0.05)。2）各组间Chao1指数和Shannon指数的差异均不显著(P>0.05)；LN组observed species指数显著高于其他2组(P0.05)。3）在门水平上，3组间所有细菌的相对丰度差异均不显著(P>0.05)；在属水平上，HN组普雷沃氏菌科UCG-001（Prevotellaceae UCG-001）、普雷沃氏菌科UCG-003（Prevotellaceae UCG-003）和瘤胃球菌科UCG-014（Ruminococcaceae UCG-014）的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05)；HN组瘤胃球菌科NK4A214（Ruminococcaceae NK4A214 group）、瘤胃球菌科UCG-005（Ruminococcaceae UCG-005）的相对丰度显著高于LN组(P<0.05)；HN组SP3-e08和Lachnoclostridium 10的相对丰度显著低于其他2组(P<0.05)；LN组解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)相对丰度显著高于其他2组(P<0.05)；MN组赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和叶杆菌属(Phyllobacterium)的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05)，食物谷菌属(Victivallis)的相对丰度极显著高于其他2组(P<0.01)。综合得出，饲粮NDF水平在35.01%~45.16%变化时，显著影响山羊瘤胃液NH3-N浓度和乙酸/丙酸，显著影响瘤胃Prevotellaceae UCG-001、Prevotellaceae UCG-003等多种菌属的相对丰度。
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