分类: 生物学 >> 生物进化论 提交时间: 2024-03-15
摘要: The previously alleged ‘eugnathid amiiform’ Sinoeugnathus kueichowensis is a small-sized halecomorph from the Middle Triassic (Ladinian) marine deposits of Guizhou and Yunnan, China. A morphological redescription and taxonomic revision of this taxon are provided based on a detailed examination of 15 new specimens. Among them, IVPP V24315 (standard length = 64 mm) is appointed as the neotype, given that the holotype is missing. Studies of these specimens revealed some morphological details previously undescribed or misidentified for this taxon, including a hatchet-shaped antorbital, two broad suborbitals, a sensory canal in the maxilla, and three pairs of extrascapulars. For the first time, Sinoeugnathus was incorporated into an analysis of halecomorph phylogeny, and the results recover it as the sister taxon of the Anisian Subortichthys from Luoping, Yunnan, and both are grouped with two Ladinian genera Allolepidotus and Eoeugnathus from the Monte San Giorgio area into a monophyletic group (namely Subortichthyidae fam. nov. herein) at the base of Ionoscopiformes. This taxonomic reassessment of Subortichthys provides new insights into the phylogeny and paleogeographic evolution of Ionoscopiformes.
分类: 生物学 >> 生物进化论 提交时间: 2024-03-15
摘要: All the extant rhino species belong to Rhinocerotini and either have one horn (a nasal horn) or two horns (a nasal horn and frontal horn). So far, the earliest Rhinocerotini to have been identified in China is the “Dicerorhinus” cixianensis, which was based on a juvenile skull with an associated mandible from the Middle Miocene locality of Jiulongkou in Cixian County, Hebei Province of northern China. Our analyses suggest that there are similarities between this specimen and the modern genus, Dicerorhinus, but it differs in several cranial traits and therefore cannot be assigned to the modern genus. Instead, it is closer to the Middle Miocene Lartetotherium from Europe, especially the specimen from La Retama in Spain and should be assigned to that genus, indicating the presence of intracontinental dispersal at this time. The Jiulongkou fauna is the only Middle Miocene fauna with Rhinocerotini in China, and, together with the faunal composition, this implies a more humid and closed environment, in contrast to those found in western China. We suggest that the position of the posterior border of the nasal notch is a good indication of the specimen’s evolutionary level in Rhinocerotini. The anterior position of the nasal notch as seen in modern Dicerorhinus, together with its certain similarities to L. cixianensis as well as its differences with more specialized species of the Dihoplus-Pliorhinus-Stephanorhinus -Coelodonta lineage, supports the conclusion that Dicerorhinus experienced little change during a nearly 10 Myr evolutionary history, possibly due to the low selection pressure seen in the tropical/subtropical forests in southeastern Asia.
分类: 生物学 >> 生态学 提交时间: 2024-03-13 合作期刊: 《干旱区科学》
摘要: Nitrogen (N) deposition is a significant aspect of global change and poses a threat to terrestrial biodiversity. The impact of plant-soil microbe relationships to N deposition has recently attracted considerable attention. Soil microorganisms have been proven to provide nutrients for specific plant growth, especially in nutrient-poor desert steppe ecosystems. However, the effects of N deposition on plant-soil microbial community interactions in such ecosystems remain poorly understood. To investigate these effects, we conducted a 6-year N-addition field experiment in a Stipa breviflora Griseb. desert steppe in Inner Mongolia Autonomous Region, China. Four N treatment levels (N0, N30, N50, and N100, corresponding to 0, 30, 50, and 100 kg N/(hm2•a), respectively) were applied to simulate atmospheric N deposition. The results showed that N deposition did not significantly affect the aboveground biomass of desert steppe plants. N deposition did not significantly reduce the alfa-diversity of plant and microbial communities in the desert steppe, and low and mediate N additions (N30 and N50) had a promoting effect on them. The variation pattern of plant Shannon index was consistent with that of the soil bacterial Chao1 index. N deposition significantly affected the beta-diversity of plants and soil bacteria, but did not significantly affect fungal communities. In conclusion, N deposition led to co-evolution between desert steppe plants and soil bacterial communities, while fungal communities exhibited strong stability and did not undergo significant changes. These findings help clarify atmospheric N deposition effects on the ecological health and function of the desert steppe.
分类: 生物学 >> 人类学 提交时间: 2024-03-06
摘要: The inference of Mesozoic avialan bird diets previously relied on traditional methods such as morphological comparisons among taxa and direct evidence such as identifiable stomach contents. However, the application of these approaches has been limited because of uncommon preservation of relevant fossil evidence. We searched for additional informative characteristics to help develop new methods to assess the diet of fossil birds. In particular, the morphology of the avialan neck is highly modularized and plays roles in multiple functions including food acquisition. The structure of and variation among the cervical vertebrae likely reflects the demands of feeding ecology in fossil and extant birds because the avialan neck evolved to, at least in part, replace the forelimbs by assisting with activities such as cranioinertial feeding and other ecological functions. Here, we utilize morphometric and statistical analyses to establish an initial quantitative relationship between cervical morphology and dietary modes in both extant and extinct birds. This morphometric framework derived from the cervical morphology of living birds is used as a basis to estimate the diet categories of five taxa of Mesozoic birds. The results indicate that there is a quantitative correlation between cervical morphology differentiation and their interrelated feeding modes. The enantiornithine taxa examined exhibit cervical morphologies similar to extant insectivorous or carnivorous birds. The ornithurine species show cervical morphologies that are more aligned with generalist or herbivorous birds, and exhibit preliminary morphological features tied to aquatic adaptions. These findings are consistent in part with other direct fossil evidence, as well as hypotheses developed from other skeletal comparisons. Therefore, the cervical vertebral series, as a skeletal system closely linked to food acquisition, can serve as one of the valuable metrics to provide information for inferring the diet of long extinct Mesozoic birds.
分类: 生物学 >> 生物工程 提交时间: 2024-03-05
摘要: Single-molecule discrimination among amino acids is crucial to the realization of next-generation protein sequencing. Owing to the heterogeneous charge and subtle volume difference of underivatized amino acids, it remains a challenge for single-molecule techniques to recognize each of them. Here, we report the direct detection of twenty proteinogenic amino acids using a copper(II)-functionalized MspA nanopore. The binding sites for copper(II) ion are constructed by introducing histidine mutation (N91H) to M2MspA protein. With copper ion binding to histidine residues, amino acids can reversibly coordinate the copper-histidine complex, generating well-defined current signals. Using this strategy, all twenty amino acids can be detected. Assisted by a machine learning algorithm, we can identify 100% of signals with 70.2% accuracy or 60% of signals with 93.4% accuracy in the validation set. In successively addition experiment, each amino acid in a mixture of 10 amino acids can be identified precisely. Furthermore, we use carboxypeptidase A1 to partly release the C-terminal amino acids of peptides with different lengths (9, 10 and 22 residues). The hydrolysates of peptides can be identified and distinguished. These results demonstrate the feasibility of this system for amino acids detection and peptide identification, shedding new lights on the development of single-molecule protein sequencing.
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 为探讨红花檵木叶片内生细菌与其季节性异常叶色现象的相关性,该文采用 平板分离培养法和16S rDNA 序列特征分析法从红花檵木五类异常叶色和正常红色 叶片*中分离鉴定内生细菌,分析不同叶色叶片的细菌多样性、群落结构和功能菌水 平差异。结果表明:(1)五类异常叶色叶片内生细菌生物量更高,分离的906 株细 菌经鉴定分类为26 属40 种。(2)小叶类型叶片内生细菌种类最多且群落结构均匀, 而红黄类型的结果与其相反。(3)异常叶色叶片与正常红色叶片的菌群比较发现, 不仅其优势属、种差异明显,且在异常叶色叶片中富集大量甲基杆菌属和假单胞杆 菌属细菌,尤其是栖稻假单胞菌明显增多。(4)异常叶色叶片(小叶、红斑和红黄 类型)中富集了具有溶磷、固氮、产IAA、耐盐功能的细菌,其中有四株兼具以上 四种功能,这种富集功能菌的行为极有可能与异常叶色现象有关。该文揭示了红花 檵木异常叶色现象与特定内生细菌菌群富集密切相关,为红花檵木异常叶色的形成 机理研究提供线索,对红花檵木优质高效栽培有重要应用价值。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 为研究纳豆芽孢杆菌菌剂对芒萁耐热能力的影响,本研究测定了不同温度和不同肥 料处理下当年生芒萁的光合和抗高温生理指标。结果表明:(1)温度和肥料都能显著影响 芒萁的光合和抗高温生理(P<0.05)。(2)温度升至45℃时,芒萁叶片的净光合速率、 蒸腾速率、气孔导度和叶绿素含量显著降低(P<0.05),高温胁迫对芒萁光合生理的抑制 属于非气孔限制;为抵御高温胁迫,芒萁的超氧化物歧化酶、过氧化物酶活性、脯氨酸、丙 二醛含量和相对电导率显著升高(P<0.05)。(3)与对照组和有机肥组相比,菌剂显著提 高了芒萁叶片的净光合速率、蒸腾速率、气孔导度、叶绿素含量以及过氧化物歧化酶和过氧 化氢酶活性,降低了胞间CO2 浓度、丙二醛含量和相对电导率(P<0.05)。(4)使用主成 分分析与隶属函数法相结合的评价方法综合评价了芒萁抗高温能力,发现菌剂添加的有机肥 施用下芒萁的抗高温能力得分更高。综上认为,芒萁具有一定的抗高温性,能根据不同胁迫 环境选择性地诱导抗逆生理活动来适应高温环境;纳豆芽孢杆菌菌剂缓解了高温胁迫对芒萁 光合作用的抑制,诱导抗氧化酶活性的提高以缓解细胞的损伤,减轻渗透调节的压力,有效 提高芒萁对高温胁迫的抵抗能力。该研究结果对南方红壤侵蚀区及类似区域的生态修复和水 土保持具有一定意义。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 为了探讨气候因子对不同季节授粉罗汉果品质影响及其分子作用机制。该文以主栽“青 皮果”品种夏季与秋季授粉果实为研究对象,采用不同发育时间气候因子监测、形态大小测 量、罗汉果苷代谢检测和基因表达qRT-PCR 分析方法,统计分析二者生境气候因子、品质 性状和基因表达差异,结果表明:秋季授粉果实与夏季授粉果实相比,(1)生境平均温度 和有效积温35 d 以后明显降低,昼夜温差65 d 以前明显增加,并且平均温度、有效积温差 异大于昼夜温差,光照强度和空气湿度则相近;(2)横径、纵径和单果重均增加,但是差 异不显著;(3)罗汉果苷Ⅴ和11-O-罗汉果苷Ⅴ合成积累速度滞后10 d 左右,含量从55 d 开始均显著降低并且成熟时分别降低了40.66 %和46.07 %;(4)罗汉果苷Ⅴ合成酶基因55 d 协同表达的一致性差,上调数目和幅度少,而且负责最后一步合成反应的葡萄糖基转移酶 基因SgUGT94-289-3 均下调表达。综上表明,夏季与秋季授粉罗汉果形态大小未受气候因 子影响,罗汉果苷Ⅴ品质则受温度显著影响,温度可能通过调控罗汉果苷Ⅴ合成酶基因协同 表达的一致性和水平导致二者罗汉果苷Ⅴ品质差异。该研究结果为罗汉果优质栽培和遗传育 种提供了理论依据。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 穿心莲为我国重要的南药之一,用于清热解毒,凉血消肿之功效,其主要活性成分穿 心莲内酯具有抗癌、抗HIV 病毒、抗炎、保肝等功效。穿心莲内酯人工合成难度较大,主 要依靠从人工栽培的植物原料中提取,但由于栽培药材的质量受土壤、气候、水肥管理等各 种因素的影响而参差不齐,且穿心莲生长周期长,占用土地资源。植物离体培养技术在种苗 快繁及活性成分积累等方面都具有显著优势,是实现穿心莲活性成分的快速、高效生产的重 要途径之一。穿心莲组织离体再生技术体系日益完善,从外植体到完整植株的组织离体再生 技术日渐成熟,已在种苗繁育、倍性育种等方面有了一定的应用。同时,在穿心莲愈伤组织 培养、细胞悬浮培养、不定根培养、毛状根培养过程中,通过优化培养条件和使用适宜的诱 导子可大幅增加培养物中穿心莲内酯等活性成分的积累。该文分别从穿心莲组织、细胞、不 定根及毛状根培养等方面,全面系统地综述了近年来国内外穿心莲离体培养技术以及其生产 穿心莲内酯的研究进展,以期促进穿心莲离体培养技术的发展与应用,为离体生产穿心莲内 酯的研究提供参考。该文还提出了未来在穿心莲离体培养技术及通过该技术生产穿心莲内酯 的研究中需重点关注的3 个方面:(1)熟化完善穿心莲组织离体再生技术体系,建立全面 系统的评价体系。(2)优化培养条件和高效诱导子联用,进一步提高穿心莲内酯等重要活 性成分产量。(3)开展通过细胞悬浮培养技术生产穿心莲内酯的生物反应器培养研究。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 研究不同径级树木的水力性状变异格局对了解其体内的水分传输机制具有重要的生理学意义。 本研究以元江干热河谷生态系统中优势乔木树种厚皮树(Lannea coromandelica)为研究对象,测定了56 棵不同胸径(0 < DBH ≤ 9 cm)厚皮树的整枝(叶片和枝条)导水率、叶片导水率和枝条导水率分布格 局及其形态学特征,进而探讨这些性状在胸径径级(0 < DBH ≤ 3, 3 < DBH ≤ 6 和6 < DBH ≤ 9 cm)间的 变异格局。结果表明:(1)三个不同径级的厚皮树的枝条导水率均显著大于叶片导水率,表明其枝条和 叶片之间存在水力分割现象,且水力分割程度相似。(2)在三个不同径级之间,平均叶柄长度、树皮密 度、边材密度、胡伯尔值和比叶重等形态学性状存在显著差异,但是整枝、叶片和枝条导水率无显著差 异。(3)在三个径级中,整枝导水率与叶片导水率和枝条导水率均存在显著的正相关关系。枝条导水率 与树皮密度显著负相关,与边材密度显著正相关。叶片导水率与胡伯尔值显著负相关。综上所述,尽管 一些形态学性状在不同径级之间有显著差异性,但在不同生长阶段,厚皮树叶片和枝条之间存在着类似 的水力分布格局。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 以秦巴山区3 种人参属药用植物为研究对象,运用生物信息学技术分析其叶绿 体基因组特征及密码子使用偏好性等,明确珠子参、羽叶三七和秀丽假人参3 种药用 植物叶绿体基因组特征与系统发育关系,为珠子参药材的分子鉴定提供依据。结果表 明:(1)3 种人参属药用植物的叶绿体基因组为典型的四分体结构,序列全长为156 071~156 104 bp,总GC 含量为38.10%,基因组大小相似度较高。(2)均注释到133 个基因,包括88 个蛋白编码基因、37 个tRNA基因和8 个rRNA 基因。(3)3 种 人参属药用植物叶绿体密码子使用偏好性相似,密码子第3 位碱基以A/U 结尾为主 ,密码子使用模式在受到突变影响的同时,主要受到自然选择的影响。(4)系统发育 结果表明3 种人参属药用植物的亲缘关系较近,且秀丽假人参同羽叶三七亲缘关系更 近。该研究表明秀丽假人参与珠子参基源植物之间存在近源关系,这项发现对于珠子 参中药材资源的开发利用具有重要意义,并为进一步研究人参属物种的分类、系统发 育和进化机制提供重要依据。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 凤眼果具有温胃、杀虫等功效,其名称和性状易与苹婆属其他物种混淆,然而相关研 究基础比较薄弱,通过生药学研究可为其资源开发及质量标准制定提供参考。该研究对凤眼 果性状、微性状、种子横切面及粉末显微特征进行观察;利用双向测序获取凤眼果DNA 条 形码序列ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL,计算Kimura 2-Parameter 遗传距离,建立邻接系 统进化树并进行聚类分析。结果表明:(1)凤眼果性状特征包括外被深红色果皮,种子表 面红褐色或暗栗色,质硬,内含浅黄色肥厚胚乳2 片。(2)微性状特征为外种皮红褐色, 极薄,质脆;中种皮黑褐色,较厚,质硬;内种皮浅黄色,质软。(3)显微特征为外种皮 石细胞结构和排列方式、中种皮栅状细胞结构、内种皮细胞壁呈连珠状增厚、草酸钙簇晶。 (4)基于ITS2 序列可将凤眼果与苹婆属其它植物有效区分,matK 序列可将假苹婆与苹婆 属其它植物有效区分。获取的凤眼果性状、微性状及显微特征数据,结合ITS2 条形码序列 可有效鉴别凤眼果,为其资源开发及质量标准制定提供了科学依据。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 为探究环境干扰对退化高寒草甸植物化学计量特征的影响,本研究于2018~2020 年对 香格里拉市三个退化程度(轻度退化LD、中度退化MD、重度退化SD)的高寒草甸开展刈 割试验,进而分析退化高寒草甸植物C、N、P 含量、C:N:P 比和N-P 幂函数关系在不同刈 割年限(0、1、2 a)之间的差异。结果表明:(1)除莎草科植物P 含量外,草甸植物群落、 禾本科植物和杂类草的C、N、P 含量在退化梯度间无显著差异(P>0.05)。随刈割年限增 加,退化草甸植物C、N、P 含量呈先增后降的趋势(P<0.05)。(2)草甸植物C:N 比和C:P 比在退化梯度间无差异(P>0.05)。从LD 到SD,植物群落、莎草科植物和杂类草的N:P 比先小幅下降再显著上升(P<0.05),禾本科植物的N:P 比未发生显著变化(P>0.05)。(3) 随刈割年限增加,草甸植物的C:N 比和C:P 比呈先降后增、N:P 呈先增后降的趋势。刈割0 a 时,莎草科植物的C:P 比和N:P 比显著高于杂类草(P<0.05),与群落和禾本科植物无差 异(P>0.05);刈割1 a 和2 a 时,莎草科植物的C:P 比和N:P 比高于群落和其他功能群(P <0.05);在各刈割年限,群落和各功能群植物间的C:N 比无差异(P>0.05)。4)随刈割年 限增加,退化草甸植物的N-P 幂函数关系由弱变强、幂指数趋于稳定。莎草科植物的N-P 幂指数(小于0.1)与植物群落、禾本科和杂类草的幂指数(稳定在0.19~0.22)明显不同。 本研究发现,刈割干扰下退化高寒草甸植物生态化学计量特征在退化梯度间差异不大,但其 随刈割年限增加发生显著变化,这说明滇西北不同退化程度高寒草甸对刈割干扰可能具有相 似的响应过程。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 浙江红花油茶(Camellia chekiangoleosa)种仁含油率和油酸含量高,广宁红花油茶 (Camellia semiserrata) 具有较强的生长势和抗性。为了利用浙江红花油茶和广宁红花油茶的 优点,培育优良种质材料,该文对浙江红花油茶与广宁红花油茶的45 个F1 杂交子代进行表 型性状分析,以掌握杂交子代的表型性状情况,同时利用SSR 标记对其进行杂种真伪鉴定, 并筛选可用于油茶杂交子代鉴定的SSR 标记。结果表明:(1)浙江红花油茶×广宁红花油 茶的F1 子代表现为树形高大、生长迅速,且其叶脉、萼片、柱头均倾向于父本广宁红花油 茶的性状,而花和叶片形态等性状与母本浙江红花油茶接近,叶片颜色与大小等特征介于双 亲特征之间。(2)从32 个SSR 标记中筛选出了8 个可区分双亲且能明确子代来源的完全 互补型标记,用于开展杂交子代鉴定,其中7 个标记的杂种鉴定率高达100%,1 个标记杂 种鉴定率为55.56%;8 个标记相互补充鉴定出45 个杂交子代全是真杂种。(3)将8 个SSR 标记对杂交子代进行鉴定能力验证,表明利用这些SSR 标记鉴定油茶杂交子代真实性是可 行的。该研究为油茶物种间的杂交育种提供参考,同时也为后续油茶物种间的杂交子代SSR 标记鉴定提供依据。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 为了解在天然更新条件下三种不同生境的红鳞蒲桃幼苗对环境因子的适应性,该文以 广西滨海地区天然更新的当年生红鳞蒲桃幼苗为研究对象,对其叶片和根系的抗氧化酶活性、 可溶性糖含量、丙二醛含量以及叶片的光合色素进行测定。结果表明:(1)对环境因子进 行方差分析表明:三样地间的光照强度差异极显著,地表温度和土壤含水率差异不显著。(2) 不同生境下幼苗叶片与根系的生理特征随着光照强度而变化。随着光照强度的增加,幼苗叶 片的超氧化物歧化酶(SOD)活性、可溶性糖(SS)含量、丙二醛(MDA)含量、叶绿素 a/b 含量以及根系的过氧化物酶(POD)活性生境B 显著高于生境A;而叶片的POD 活性、 叶绿素a 含量、叶绿素b 含量、总叶绿素含量以及根系的SOD 活性、SS 含量、MDA 含量 生境A 显著高于生境B。(3)随着光照强度的减少,幼苗叶片的SOD 活性、MDA 含量以 及根系的POD 活性生境B 显著高于生境A;而叶片的POD 活性、SS 含量生境A 显著高于 生境B;叶绿素a 含量、叶绿素b 含量、总叶绿素含量以及根系的SS 含量、MDA 含量先 是生境A 显著高于生境B 随后变化成生境B 显著高于生境A;叶绿素a/b 含量以及根系的 SOD 活性先是生境B 显著高于生境A 随后变化成生境A 显著高于生境B。(4)综合分析 表明:三种生境的生理生化特征均表现出不同的适应性,其中郁闭度最小的生境B 发生了 光抑制现象,因此需要人工调整郁闭度来创造适宜的光照环境,为幼苗的天然更新提供条件。
分类: 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要: 乌恰县位于新疆维吾尔自治区西部,具有特殊的植物区系。基于对该地 区的野外考察,通过标本研究和文献查证,报道了中国新疆西部的十字花科 (Brassicaceae)一新记录属——双袋荠属(Didymophysa Boiss.)。双袋荠属有3 种,该文提供了该属的形态描述和分种区别特征,其中新疆双袋荠(Didymophysa fedtschenkoana Regel)在我国首次记录,提供了分布于我国新疆的新疆双袋荠的 详细形态描述及生境照片。最后,讨论了新记录属种发现的生物地理学意义以及 新疆西部高原地区的植物多样性、特殊性和保护工作建议。
分类: 生物学 >> 生物学其他学科 提交时间: 2024-02-07 合作期刊: 《应用力学学报》
摘要: 由于现代生活方式的改变与人口老龄化,近年来脊柱疾病发病率急剧升高。生物力学研究是评估脊柱相关疾病的重要内容,通过建模仿真的方法探究脊柱生物力学一直是重要的手段之一。目前,结合肌骨模型与有限元的方法成为脊柱生物力学的研究热点,因此,本研究对国内外使用肌骨模型与有限元相结合的方法探究脊柱生物力学特征的文章进行调研,系统阐述了该方法在脊柱相关疾病方面的临床应用进展,总结基于这种方法的建模方式,包括加载方法、杨氏模量、泊松比等参数设置,以及使用该方法在脊柱相关疾病上的评估应用。结果表明:基于肌骨动力学与有限元的方法,对探究人体在体运动时脊柱组织层面的应力应变、椎间盘内压力(intervertebral disc pressure,IDP)等情况,提供了一种多尺度评估方法,但该种方法目前存在模型构建时间长、研究动作单一、需要验证模型有效性不足等问题,是未来脊柱生物力学领域研究需要研究的方向。
分类: 生物学 >> 动物学 提交时间: 2024-01-28 合作期刊: 《古脊椎动物学报》
摘要: 西班牙羚(Hispanodorcas)是一类中小型牛科动物,此前只在泛地中海地区和南亚有 所发现。西班牙羚的分类一直有所争议,曾被认为与羚羊族(Antilopini), 苇羚族(Reduncini) 或角羊族(Oiocerini)有关。报道了在中国庆阳正宁地区的代店化石点首次发现的陇东西班 牙羚新种(H. longdongica sp. nov.), 时代大约为早保德期(约8–7百万年前)。新材料包括5个头 骨,保存状态各异,提供了迄今为止关于西班牙羚最完整的骨骼信息。其角心长而细、向 后弯曲,且微弱地同向扭曲(homonymous twist); 角心同时还具有和外–背侧沟和内–腹沟, 这些都是西班牙羚的典型特征。代店地点发现的西班牙羚在已知各种中体型最小,面部和 脑颅之间的弯曲较弱,前后基结节均发育较弱。这些原始的特征表明陇东西班牙羚可能代表了这个属的早期演化阶段。此外,该种头骨与瞪羚(Gazella)的相似之处表明西班牙羚可 能是直接从瞪羚的祖先演化而来,其同向扭转的角心与角羊族一致,可能是两者平行演化 所致。
分类: 生物学 >> 生物化学 分类: 生物学 >> 分子生物学 提交时间: 2024-01-25
摘要: 目的:通过分析小鼠自主食用不同甜味物质后尿液蛋白质组的变化,探索其对机体的可能影响。
方法:收集C57BL/6l小鼠主动食用甜味物质前后的尿液样品。甜味物质包括目前世界范围内应用较为广泛且能引起小鼠喜好反应的蔗糖、甜菊糖苷、安赛蜜、三氯蔗糖,其中非营养性甜味剂的浓度选择了已有研究显示的小鼠喜好反应最强烈的浓度。通过高效液相色谱串联质谱联用(LC-MS/MS)的非标记定量蛋白质组学技术进行分析,成组筛选尿液蛋白质组的差异蛋白,进行蛋白质功能和生物学过程分析;进行单只小鼠食用甜味物质前后尿液蛋白质组比较;并将不同甜味物质进行横向对比。
结果及结论:尿液蛋白质组可以反映小鼠自主食用甜味物质后的机体变化,且小鼠自主食用的不同甜味物质对尿液蛋白质组的影响并不相同。4种甜味物质中,三氯蔗糖与蔗糖引起机体的变化最为相似,甜菊糖苷与蔗糖引起机体的变化相差最远;蔗糖、安赛蜜和三氯蔗糖引起的机体变化相似,而甜菊糖苷引起机体的变化与其他甜味物质不同。小鼠自主食用4种甜味物质后尿液蛋白质组差异蛋白中均有已经被报道的与脑奖励回路相关的蛋白,而只有自主食用蔗糖、安赛蜜和三氯蔗糖后尿液蛋白质组差异蛋白大量与代谢过程相关,自主食用甜菊糖苷后尿液蛋白质组差异蛋白主要与核小体组装、基因表达等过程相关。
分类: 生物学 >> 生态学 提交时间: 2024-01-23
摘要: 在基于宏条形码(meta-barcoding)的eDNA监测技术路径中,eDNA测序数据的分析和注释是决定监测结果判断和评估精确与否甚至准确与否的基础,而参考数据库选择、指标阈值选择、目标数据准备是eDNA测序数据分析和注释中最为关键的3个技术环节。为弄清上述3个技术环节处理方案的影响,本研究以长江中游2组eDNA监测COI基因测序数据为分析对象,针对鱼类的检出做了3组实验来分别检验1)不同参考数据库及物种注释算法对注释结果的影响,2)不同OTU聚类序列相似度和物种注释分类置信度(序列一致性和序列覆盖度)对注释结果的影响,3)目标数据中各物种不同序列丰富度对注释结果的影响。结果显示:1)Blast算法下,3个版本nt库注释出的物种基本一致(72%~78%),2个本地序列参考库注释出的物种也基本一致(91%~96%),这5个序列参考库注释出的物种52%~68%一致;nt库RDP Classifier算法注释出的物种覆盖95%以上Blast算法注释出的物种,并比Blast算法注释出的物种多151%~443%,多出的物种大都是错误注释,本地参考数据库RDP Classifier算法注释出的物种覆盖66%~85%的Blast算法注释出的物种,并存在数条只注释到科属的结果。2)OTU聚类序列相似度阈值,取值0.999比取值0.99获得的OTU多154%~209%,注释到鱼类的OTU多240%~490%;注释分类置信度阈值(Blast算法,序列一致性和序列覆盖度)从0.8到0.99注释获得的物种组成基本(94%以上)一致,物种下的OTU组成也基本(83%以上)一致,注释分类置信度阈值取0.7时注释获得的物种组成、OTU组成和取0.8及以上时注释获得的有较大差异。3)在OTU聚类序列相似度阈值0.999、注释分类置信度阈值0.9时,多序列数据注释所得鱼类物种数、OTU数最多、物种注释正确率最高(达81.49%),分别比单序列数据的多7%、215%和高5%。在具体eDNA测序数据的分析和注释中,可通过建立完善本地参考数据库、优化OTU聚类序列相似度和物种注释分类置信度(序列一致性和序列覆盖度)取值、增加目标数据的丰富度来提高注释结果的准确性,但受制于物种注释算法的局限性,物种注释错误和注释遗漏的问题可能将长期存在,物种注释正确率通常低于85%(基于COI基因的eDNA监测)。