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西南牡蒿叶绿体基因组特征及系统发育分析

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Chloroplast genome features and phylogenetic analysis of Artemisia parviflora

摘要: 为探究西南牡蒿的(Artemisia parviflora)叶绿体基因组结构特征及其系统位置, 该研究利用高通量测序技术对其进行测序,并借助生物信息学工具进行分析。结果表明:(1) 西南牡蒿叶绿体基因组长151 047 bp,呈现为由四部分组成的环状双链结构,GC 含量为 37.5%。(2)共注释115 个基因,包括81 个蛋白编码基因、4 个rRNA 基因及30 个tRNA 基因。(3)检测到68 个简单重复序列(SSRs)和37 个长重复序列。(4)西南牡蒿叶绿 体基因组的密码子使用偏性较弱,其主要受自然选择的影响,高频密码子偏向以A/U 结尾。 (5)西南牡蒿叶绿体基因组的IR 区未出现明显的扩张或收缩;筛选出了trnH–psbA、 rpl16–rps3、ycf15–trnL-UAG、ndhA 和ycf1 5 个高变异区域,可作为鉴定龙蒿亚属植物的潜 在分子标记。(6)系统发育分析揭示了西南牡蒿在龙蒿亚属中的系统位置及蒿属内各亚属 的系统发育关系。该研究为蒿属植物后续的分子标记开发和系统发育研究奠定了基础。

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[V1] 2024-04-17 00:56:01 ChinaXiv:202404.00211V1 下载全文
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