蛋白质结构预测：梦想与现实

摘要: 生物信息学的贡献可以从两个层面来衡量，一方面是对生物学的贡献，即能否以数理的手段辅助生物学家（或者独立地）做出新的生物学发现 (discovery)；另一方面则是对计算机科学的贡献，即实际问题是算法研究的推动力和源泉，我们能否在解决实际问题的过程中，检验已有算法，并开发新的算法(algorithm)。本文的目的即是以蛋白质结构预测的FALCON 方法为样本，对上述两个层面的贡献做一阐述。简短地说，从生物学发现角度来讲，FALCON 的结果为“蛋白质结构构象数目是有限的”这一论断提供了定量的支持；从算法的角度讲，FALCON 实际上是一种新的优化框架，FALCON 能够大大降低搜索空间的大小，而经典的Monte Carlo 与Local search 始终维持一个相对较大的搜索空间。实验结果表明这种降低搜索空间大小的技术能够有效地提高搜索成功的可能性