分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2017-10-23 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验对笼养和散养蛋雏鸡和成年蛋鸡的小肠中细菌种类进行分析。取8周龄雏鸡和30周龄产蛋鸡整个小肠内容物，进行聚合酶链式反应–变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）分析，结合指纹克隆，研究鸡小肠细菌菌群的DNA指纹图谱。结果显示，共从蛋鸡的肠内容物中分离出39株细菌，有4个菌门，包括变形菌（2株，5.1%），拟杆菌（4株，10.2%），放线菌（5株，12.8%）和厚壁菌门（21株，53.8%），以及7个环境样品（不可培养细菌）。不同阶段蛋鸡不同肠段存在不同的细菌种类，在成年母鸡和自由放养鸡肠道中的细菌种类比雏鸡和笼养鸡丰富。所有分离细菌中，共分离得到10株乳酸菌，除陪伴粪球菌外，其余9株乳杆菌作为微生态制剂后备菌保存。结果提示，饲养模式和饲养阶段对蛋鸡肠道中细菌群落种类分布有很大影响，散养模式细菌群落更丰富，成年鸡较雏鸡肠道细菌多。
分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2017-10-10 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验采用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法探究不同饲养密度对笼养海兰灰蛋鸡十二指肠肠道菌群的影响。随机选取1 250只11周龄海兰灰蛋鸡，按照不同饲养密度随机分为5个组：A组900 cm2/只、B组675 cm2/只、C组540 cm2/只、D组450 cm2/只、E组380 cm2/只，每个组内50个重复。5个组均在相同的环境和饲养管理模式下进行饲养。分别于16、26、50周龄时，在每个组中随机选取5只鸡，取十二指肠内容物，用PCR-DGGE法进行肠道菌群分析。结果表明，在同一个饲养密度内，随着饲养周龄的增加笼养蛋鸡十二指肠肠道菌群结构相似系数逐渐减小；16周龄时高密度组与低密度组之间十二指肠肠道菌群结构相似性很高，即肠道菌群结构差异较小；26和50周龄时高密度组与低密度组之间十二指肠肠道菌群结构相似性很低，即肠道菌群结构差异很大。由此可见，随着饲养周龄的增加笼养蛋鸡十二指肠肠道菌群结构差异增大；2种有益菌(Lactobacillus gastricus和Lactobacillus alvi)在高饲养密度组（D组和E组）中消失，饲养密度高于450 cm2/只对笼养蛋鸡十二指肠肠道菌群结构具有不利的影响。
分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2017-11-07 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验旨在研究小熊猫胃肠道菌群多样性。采用聚合酶链式反应（PCR）-变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分分析（PCA）检测小熊猫胃肠道菌群结构及多样性。结果表明：1）PCR-DGGE图谱显示小熊猫胃肠道中有大量菌群，且不同部位的菌群结构存在一定的差异，相邻肠段菌群结构具有一定的相似性。结肠和粪便样品的菌群多样性较高，其次为胃和直肠样品，而空肠和回肠样品菌群多样性较低。2）小熊猫胃肠道菌群PCR-DGGE图谱中测序的条带大多数归为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroides）、变形菌门（Proteobacteria）和疣微菌门（Verrucomicrobia），共性条带主要是未培养拟杆菌门细菌（uncultured Bacteroidetes bacterium）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）、未培养梭状芽孢杆菌（uncultured Clostridium sp.）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）和食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria），其中厚壁菌门为优势菌群；特异性条带主要是丛毛单胞菌（Comamonas sp.）、梭菌属（Clostridium sp.）和Akkermansia。由此可见，小熊猫胃肠道中栖息着大量菌群，且其多样性按照胃肠道由前至后的顺序呈现高-低-高的趋势。
分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2018-12-20 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验旨在对1只死亡野生川金丝猴的胃肠道菌群多样性及其克隆测序条带的系统进化树进行分析。取死亡野生川金丝猴胃肠道内容物，进行聚合酶链式反应（PCR）-变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析，结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分（PCA）分析检测菌群多样性并构建系统进化树。结果显示：1）野生川金丝猴整个胃肠道栖息着大量细菌，且来自胃、小肠的样品聚为一大簇，来自大肠的样品聚为一簇，而来自粪便的样品单独聚为一簇。2）从DGGE图谱上共回收18个条带，细菌种类鉴定主要是5个菌门，分别为变形菌门（Proteobacteria，38.89%）、厚壁菌门（Firmicutes，22.22%）、拟杆菌门（Bacteroidetes，5.56%）、放线菌门（Actinobacteria，5.56%）、疣微菌门（Verrucomicrobia，5.56%）和不可培养菌（uncultured bacterium，22.22%）。其中，变形菌门和厚壁菌门分布于整个胃肠道。3）菌群的系统进化树分析表明，仅有1种不可培养菌与已鉴定的粪肠球菌进化分类相似，而其他不可培养菌与已知的菌种进化分支差异较大，说明在野生川金丝猴的胃肠道中仍有大量的菌群信息未被鉴定。结果提示，本试验测定的1只死亡野生川金丝猴的胃肠道优势菌群为变形菌门，菌群多样性随着胃肠道由前至后的顺序呈现高-低-高的趋势。
分类： 生物学 >> 动物学 提交时间： 2018-12-20 合作期刊: 《动物营养学报》
摘要： 本试验旨在研究饲粮中长期添加酸化剂和亚剂量硫酸新霉素对黄羽肉鸡回肠黏膜菌群动态变化和组成的影响。选择800只1日龄健康岭南黄羽肉鸡，随机分为4个组，每组5个重复，每个重复40只鸡。对照组（A组）饲喂基础饲粮，B、C和D组饲粮分别在基础饲粮中添加0.2%酸化剂Ⅰ、0.3%酸化剂Ⅱ和50 mg/kg硫酸新霉素。试验期42 d。分别于1、7、14、21、28、35和42日龄时，采集肉鸡回肠黏膜并提取细菌DNA，采用聚合酶链式反应（PCR）−变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术分析肉鸡回肠黏膜菌群结构，同时应用16S rDNA基因序列技术，建立42日龄肉鸡回肠黏膜细菌16S rDNA的随机克隆文库。动态变化趋势分析发现，4组肉鸡回肠黏膜菌群结构发生变化的程度不同，1～28日龄时4组的动态变化值分别为9%～33%、8%～90%、8%～56%和17%～45%。回肠黏膜细菌随机克隆文库分析发现，A组文库有94个序列，共产生16个OTUs（operational taxonomic units）；B组有87个序列，共产生7个OTUs；C组有98个序列，共产生5个OTUs；D组有94个序列，共产生9个OTUs。A和D组乳酸杆菌属（Lactobacillus）所占克隆总数的比例分别为39.36%和50.00%，极显著高于B（6.90%）和C组（10.20%）（P<0.01）；A组与其他各组其他菌属的种类与组成比例存在差异，且均未发现与埃希氏菌属（Escherichia）相关序列。由此可知，饲粮中长期添加酸化剂和亚剂量硫酸新霉素会使1～28日龄岭南黄羽肉鸡回肠黏膜菌群结构发生剧烈变化，42日龄肉鸡回肠黏膜菌群的多样性下降，乳酸杆菌属的组成发生改变，这种变化与差异可能是酸化剂与抗生素持续压力的影响所致。
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