雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析

分类： 生物学 >> 生物工程 提交时间： 2018-05-23 合作期刊: 《中国生物工程杂志》

陈军 郑华军 刘亚铭 赵国屏 秦松

摘要： 开展雨生红球藻基因组测序研究，对于解读绿藻起源与进化及生物逆境胁迫响应机理，及推动雨生红球藻产业发展都具有重要意义。利用Illumina Hiseq 2500对雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)进行高通量测序，获得低覆盖度全基因组草图。通过计算k-mer分布预测该基因组草图大小约为547 Mbp，GC含量为59.2 %，为纯合或单倍体。共得到11,059个预测基因，平均基因长度为1,711 bp，平均CDS长度为681 bp；平均每个基因包含3.2个外显子，外显子平均长度为353 bp。代谢通路分析表明，具有完整的糖酵解、三羧酸循环、磷酸戊糖途径、嘌呤和嘧啶合成等基本代谢通路。

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