水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及EST-SSR 标记开发

分类： 生物学 >> 植物学 提交时间： 2022-12-29 合作期刊: 《广西植物》

田怀志 郭豪 田浩 熊兴伟 张素勤 耿广东

摘要： 为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制，该文对不同淹水处理的 辣椒样本进行转录组分析，获得了丰富的序列数据，并在此基础上对 SSR 分子标记进行挖掘。结果 表明：（1）辣椒转录组检测共获得 128 939 条 Unigene，其总全长与均长以及 GC 含量分别是 55 082 725 bp、1 101 bp 和 40.57%。与七大功能数据库进行比较，分别有 102 123（NR：79.20%）、110 157 （NT：85.43%）、70 203（SwissProt：54.45%）、73 539（KOG：57.03%）、77 646（KEGG：60.22%）、 77 442（GO：60.06%）以及 68 216（Pfam：52.91%）个 Unigene 获得功能注释。发现脂质代谢、碳 水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝 胁迫应答中起重要作用。（2）从辣椒转录组数据中发掘到26 574 个SSR 位点分布在24 889 个Unigene 中。SSR 的出现频率为 20.61%，其中单核苷酸重复所占比例（37.26%）最高，其次是三核苷酸（31.00%） 和二核苷酸（25.44%）重复类型，三者占 EST-SSR 总数的 93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多 的基序类型为 A/T、AG/CT 和 TC/GA，然后是 AT 和 TA；三核苷酸中最常见的基序类型是 TTG/CAA 和 ACA/TGT。（3）用 Primer 3 设计了 EST-SSR 引物 10 002 对，随机选择 30 对引物进行 PCR 扩增， 均可获得有效扩增。通过 3 份辣椒材料进行扩增，其中 7 对引物可以扩增出目标条带。综上所述， 在辣椒中优势 SSR 重复类型的基序结构和其他品种基本相近，并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分 子机制，开发了 EST-SSR 标记，为辣椒耐涝遗传育种提供参考。

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