油棕WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-08-27 合作期刊: 《广西植物》

周丽霞  曹红星

摘要： 该研究从NCBI网站下载油棕全基因组序列信息，从Arabidopsis Information Resource（TAIR）数据库中下载得到拟南芥WRKY转录因子序列，并在油棕基因组数据库中进行BLAST同源序列比对分析，通过NCBI在线工具CDD和PFAM数据库进行蛋白结构与分析，剔除无WRKY结构域的系列，利用生物信息学方法对油棕WRKY转录因子进行分析及功能预测。结果表明：从油棕基因组数据库中发掘WRKY转录因子95个，该WRKY转录因子蛋白质所编码氨基酸大小为116～1 303 bp，95个均为亲水性蛋白，总体为不稳定蛋白（EgWRKY25和EgWRKY56除外），60个蛋白以α-螺旋为主要二级结构元件，35个以无规卷曲为主要二级结构元件。保守结构域系统进化树结果表明，油棕WRKY转录因子家族蛋白主要分为三大类（I、II和III），I类分为IC和IN亚类，II类分为II a、II b、II c和II d亚类。内含子和外显子结构结果表明，EgWRKY基因结构进化高度保守。该研究结果对油棕WRKY转录因子的挖掘、功能分析及分子生物学研究奠定了基础，此外，还对分子育种和遗传改良提供参考。

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